Στην αρχή, με τους Προσωκρατικούς, η φιλοσοφία προωθεί υποθέσεις για τον κόσμο. Γεννιέται ελεύθερη, απαλλαγμένη από κάθε αποκαλυμμένη αλήθεια. Ο θάνατος του Σωκράτη, του «διαφθορά» των νεαρών Αθηναίων με την αμείλικτη κριτική του στη θρησκευτικότητα που περίμενε η κοινωνία από αυτούς, εγκαινιάζει παραδόξως τη μεγάλη εποχή της ελληνικής σκέψης. Έχοντας επίγνωση της σημασίας της τεχνολογίας, ο κλασικός προβληματισμός συνοδεύει την παρατήρηση του κόσμου (με αποκορύφωμα τις νατουραλιστικές πραγματείες του Αριστοτέλη) με υποθετική-απαγωγική έρευνα, η οποία αναπτύσσεται χωρίς την ανάγκη πειραματικής επιβεβαίωσης. Οι τεράστιες επιτυχίες της Ευκλείδειας γεωμετρίας και της μαθηματικής αστρονομίας, ωστόσο, πείθουν τους φιλοσόφους ότι η αλήθεια μπορεί να επιτευχθεί με καθαρά υποθετικά μέσα. Έτσι, ενώ παραμένουν ουσιαστικά αδιάκριτες, η επιστήμη και η φιλοσοφία αρχίζουν να χάνουν την επαφή. Σημαντικό ρόλο στον διαχωρισμό παίζει ο Πλάτωνας, υποστηρικτής μιας «εννατιστικής» θεωρίας της γνώσης με αδιαμφισβήτητο βιολογικό άρωμα, που ο Boncinelli εκτιμά, αλλά που καρφώνει τον άνθρωπο στη στείρα σταθερότητα ενός κόσμου ιδεών που είναι πάντα ο ίδιος. Αλλά αν ο Πλάτων δεν μπορούσε να γνωρίζει για την εξέλιξη, αυτό δεν ισχύει για πολλούς φιλοσόφους που σήμερα αναφέρονται απευθείας σε αυτόν και που αγνοούν τον επαναστατικό αντίκτυπο της αλλαγής που συντελείται συνεχώς στη βιολογία.

Ζεστή συζήτηση και τομήπου δεν γλυτώνει ούτε τον Ντεκάρτμεταφέρει τον αναγνώστη στον δέκατο έβδομο αιώνα, όταν η πεταλούδα της πειραματικής επιστήμης απελευθερώνεται επιτέλους από τη χρυσαλλίδα της δυτικής φιλοσοφίας. Αν, μέχρι τότε, οι επιστήμονες και οι φιλόσοφοι περιορίζονταν στο να κάνουν ερωτήσεις και να προσπαθούν να δώσουν απαντήσεις μέσω της παρατήρησης, με δυνατότητα και ευκαιρία διεξαγωγής πειραμάτων, ο επιστήμονας «αναγκάζει» τη φύση να απαντήσει σε συγκεκριμένες ερωτήσεις. Ενώ η παρατήρηση περιορίζεται στην καταγραφή του τι συμβαίνει, ο πειραματιστής παίζει ενεργό ρόλο, προετοιμάζοντας τις συνθήκες για να φέρει την ίδια τη φύση σε ευνοϊκό έδαφος. Η υιοθέτηση της πειραματικής μεθόδου, που συχνά συνοδεύεται από ποσοτική ανάλυση, είναι για τον Boncinelli μια επαναστατική πράξη ταπεινότητας: σηματοδοτεί την αναγνώριση ότι για ορισμένα προβλήματα η κερδοσκοπική προσέγγιση δεν είναι επαρκής – μια αναγνώριση ότι ο συγγραφέας δεν παραλείπει να αμφισβητήσει ως ξένο. πολλοί φιλόσοφοι του χθες και του σήμερα.

Με την Accademia del Cimento και το σύνθημά της, «προσπαθώ και ξαναδοκιμάζω», ξεκινά η εποχή της μεγάλης επιστήμης που φτάνει μέχρι εμάς. Όμως η εποχή της φιλοσοφίας, που φτάνει σε εμάς, δεν τελειώνει, αγνοώντας (ή παριστάνοντας ότι αγνοεί) την άβυσσο που τη χωρίζει από την επιστήμη. Ούτε, ίσως, μπορεί να γίνει διαφορετικά: η χρυσαλλίδα είναι θεμελιώδης για τη γέννηση της πεταλούδας, αλλά μόλις γεννηθεί οι δύο βιολογικές δομές πρέπει να χωριστούν μια για πάντα, επειδή η παρουσία της χρυσαλλίδας θα αποδεικνυόταν πλέον τοξική για την φτερωτό έντομο. Μεταφορικά μιλώντας, η φιλοσοφία ήταν θεμελιώδης για τη γέννηση της επιστημονικής σκέψης, αλλά με την πάροδο του χρόνου είχε μια ολοένα και πιο αρνητική επιρροή, σαν ένα είδος αδιαμφισβήτητου a priori που κατέληξε να εμποδίζει την επιστημονική πρόοδο.

Η ανάλυση του Boncinelli είναι ανελέητη. Και είναι αναμφίβολα σωστό, ακόμα κι αν μερικές φορές διολισθαίνει σε κάποια υπερβολική απλοποίηση. Αλλά αυτό δεν μειώνει τη γενική θέση του Η Πεταλούδα και η Χρυσαλίδαπου αμφισβητεί και προκαλεί τους μελετητές: ένα βιβλίο χρήσιμο στους επιστήμονες, οι οποίοι μπορούν να αντλήσουν από τους στοχασμούς του συγγραφέα ιδέες για να στοχαστούν στο νόημα και το εύρος της δικής τους πειθαρχίας, και απαραίτητο για τους φιλοσόφους, να εξετάσουν τα όρια της δικής τους δραστηριότητας και τους τρόπους επανεξέτασης το.